Terlepas dari kelebihan di atas, ada beberapa kekurangan sekolah di New Zealand, antara lain:
Biaya mahal
Biaya sekolah pilot di sini sekitar 1 – 1,5 Milyar rupiah, belum termasuk biaya akomodasi, endorsement, dll.
Harus endorsement
Endorsement adalah ujian kesetaraan dimana pilot yang lulus dari sekolah luar negeri (bukan cuma dari New Zealand) akan diuji kemampuan nya apakah sesuai dengan standar yang berlaku di Indonesia sebelum boleh melamar kerja di Indonesia.
Proses endorsement ini memakan waktu 2- 4 bulan (tergantung biaya dan cuaca).
Jauh dari rumah
Bagi sebagian orang tua, ini bisa jadi pertimbangan tersendiri. Sebagai gambaran, naik pesawat dari Jakarta ke Auckland (salah satu daerah di New Zealand) memakan waktu 8 jam.
Namun perlu di ingat jika seorang siswa ingin menjadi pilot, siswa tersebut harus siap jauh dari rumah karena nanti saat sudah bertugas, mereka akan sering berpergian.